L'UFR G-ENV encadre et co-encadre des doctorants inscrits à AgroParisTech (écoles doctorales ABIES et GAIA) et ailleurs. Depuis ces débuts, il a formé de nombreux doctorants dans les thématiques de recherche des ses enseignants-chercheurs : agroécologie, anthropologie du développement, écologie, sciences de gestion, sciences de l'environnement, sciences sociales...

Enfin, l'UFR ouvre ou co-organise des modules doctoraux qui s'appuient sur certains enseignements proposés dans les formations :

• Analyse stratégique de la gestion environnementale,
• Négociation pour la gestion des ressources naturelles
• Politiques de la nature et stratégies des ONGE
• Sociologies de l'action organisée et gestion de l'environnement